Na mocy porozumienia zawartego z Europejskim Instytutem Uniwersyteckim we Florencji (EIU), Włochy, w Centrum Europejskim Natolin od wielu lat działa aktywnie dedykowane Laboratorium Badawcze. W maju 2005 r. podpisana została umowa na czas nieokreślony pomiędzy CEN a EIU określająca zasady funkcjonowania tegoż programu.
Laboratorium EIU prowadzi działalność wydawniczą i konferencyjną, skierowaną do polskich środowisk akademickich i tych osób, które z racji swoich obowiązków służbowych zajmują się procesem integracji europejskiej. Laboratorium umożliwia również wymianę naukową między Instytutem a polskimi szkołami wyższymi, przyczyniając się do promocji polskiej nauki w krajach UE i umożliwiając polskim naukowcom zapoznanie się z najnowszymi osiągnięciami nauki europejskiej (zwłaszcza w dziedzinie nauk humanistycznych, ekonomicznych i społecznych). Owocem wielu działań badawczych są publikacje w ramach cyklu wydawniczego Laboratorium EIU „Zeszyty Natolińskie”.
Jednocześnie, w związku z zawartym porozumieniem, od 2006 roku CEN wdraża również wspierający ww. kooperację oraz upowszechnianie polskiej tematyki w podejmowanych pracach doktorskich i badawczych w obszarze polityk unijnych, procesów integracyjnych i transformacyjnych, wyjątkowy program grantowy im. Ignacego Jana Paderewskiego (dla uczczenia pamięci wielkiego polskiego pianisty, kompozytora, ambasadora sztuki, jednego z najsłynniejszych na świecie wirtuozów swoich czasów, ale i dyplomaty oraz wielkiego orędownika sprawy polskiej w XX wieku). Z pomocą programu wsparto już ponad 30 badaczy (z kilkunastu krajów). Wśród laureatów znaleźli się m.in.: Diana Digol (Republika Mołdowy), Emerging diplomatic elites in post- communist Europe; Igor Guardiancich (Włochy-Słowenia), The internal influence on pension reform in Central and Eastern Europe; Catherine Spieser (Francja), Building social and employment policies in times of systemic change. The case of Poland 1989 – 2004; Pascale Kalek (Belgia), Jewish women in Poland from the interwar period to the present; Oles Andriychuk (Ukraina), European Competition Law and Its Enforcement in Sport Ralated Areas; Lars Fredrik Stöcker (Szwecja), Oppositional Networks Connecting Sweden with Poland and The Estonian SSR during the Cold War; Arpad Todor (Rumunia); Evolution of taxing policies in the CEE countries in the context of EU integration; David Gergely Karas (Węgry-Francja), Emerging Regulatory Regimes of Climate and Energy Policy in Central Europe; Rebecca Wolffberg (Dania-USA), Member State Governments’ Coordination with Members of the European Parlament – An Analysis; czy Mairena Hirschberg (Niemcy), Child Transfer in the 20th Century – A Cross-national Study of its Underlying Reasons and Motivations.